1987年11月,台湾开放民众赴大陆探亲,两岸民间交流从此日益频繁,但同时也衍生许多纠纷有待解决。
1990年11月21日,台湾在两岸没有直接官方交流渠道的情况下,成立了海基会,作为代表台湾进行两岸正式接触的桥梁。
1991年12月1日,大陆成立海协会,作为处理海峡两岸事务的授权机构,扮演台湾海基会的对口单位。
国民党中常委、台湾工商协进会会长辜振甫与前上海市市长汪道涵自两会成立以来,分别长期担任海基会董事长及海协会会长。两人先后在2005年逝世,其领导风范成为两岸各界深切缅怀的记忆。
辜振甫辞世后,台湾民进党政府一度委任张俊雄(现任行政院长)接任,目前海基会董事长为洪奇昌。海协会会长一职在汪道涵离世后,一直悬空。
同为半官方组织,海协与海基会在两岸关系发展历程中发挥了重要的作用,其中外界印象最深刻的会晤包括引起“九二共识”(一个中国,各自表述)争议的1992年香港会谈,以及1993年在新加坡举行的汪辜会谈。
大陆自台湾李登辉在1999年发表“两国论”(两岸是特殊的国与国关系)后,断然全面中止两岸接触,至今仍未恢复正式对话。