不过，康区早在元朝建立前已经开始建立土司制。元宪宗二年(1252年)，忽必烈率3路大军进攻大理时，其东路与中路大军又曾穿越康区。在蒙古大军的招抚下，康区许多部落豪酋纷纷归附于元，被授以“玺书及金银符”，令世领其地，是为康区土司制之始。像康区著名的明正土司之先即于此时从木雅投诚，被授予土司之职。因此，从土司制的建立来说，康区是最早的地方之一。而卫藏地区自元代始已实行政教合一制。清代“尊黄教以安众蒙古”，极力扶植达赖、班禅作为西藏宗教领袖。雍正五年(1727年)创设驻藏大臣之制。乾隆十五年(1750年)珠尔墨特之乱后，又诏令七世达赖格桑嘉措参政，与驻藏大臣一同管理西藏政务，明确了政教合一的体制。因而康与藏二地在行政体制上的差别更为加大。

　　自明代始，康区在巩固藏区与祖国的统一，维系中央政权与西藏地方政权的关系和沟通汉藏贸易等方面的政治、经济地位日益增强。因为在明代奉行的以茶制番”、多封众建、厚赐优赏的治藏政策中，康区处于举足轻重的地位。

　　在藏族人的生活中，茶为日常生活之必需品，不可须臾缺少。而藏区不产茶，所需之茶全需川陕等内地供给。四川是茶的原产地之一，自汉代起，蜀人即以茶与大渡河外的旄牛部市易。换取牦牛、苲马。宋代推行“茶马互市”，规定专以四川雅州、名山之茶为易马之茶。但因为市易的目的主要为换取青海一带的马匹之故，将主要的茶马市场设立在西北的甘陕一带，四川境内与藏区易马之市仅黎州(汉源)、南平(南坪)二处。明代将原来纯属经济互补的“茶马互市”提升到政治层面，作为治理藏区的一种政治手段。制定了极为严格的“茶法”，控制边茶入藏的数量，以使藏区深深地感受到缺茶的压力。在运作上，一方面严禁私茶入藏，规定茶马互市的限额；另一方面又允许来京朝贡之人可以在内地采购一部分茶叶，或以赏赐之物换取茶叶。这样就促使那些在茶马场中不能购得到足够茶叶之藏区各部踊跃来朝贡。更因为明廷对来朝贡者不仅都予封号，而且给予的赏赐之物往往多于贡物之值的若干倍。所以有明一代，为“恋贡、市之利，且欲保世官”的朝贡者络绎于途。有时一支朝贡队伍达两三千人之众，以致明中叶后不得不下令限制来贡的班次和人数。[21]

　　为了保障茶道与贡道的畅通，明初开通了直达大渡河西岸的川藏道。洪武三十一年(1398年)，明太祖下诏开辟由碉门(天全)经岚州(泸定岚安)、察道(泸境)至大渡河西岸鱼通、长河西(康定)之道路。并于碉门设市与康区各部市易。成化三年(1467年)，明朝下令“诸自乌思藏来贡者，皆从四川入，不得径赴洮、岷。”[22]这样，卫藏地区之购茶与朝贡者就必须依靠康区作为桥梁，方能与内地交往。清代放松了对边茶的限制，川藏茶叶贸易进一步扩大。康熙四十一年(1702年)清廷于打箭炉(康定)设立茶关，康定自此成为汉藏贸易的中心和集散地，凡西藏购茶和清廷赏给达赖之茶均在康定起运。雍正七年(1729年)分雅州同知于康定，置打箭炉厅。又设阜和协以卫之。康区各土司清廷均重新颁给号纸、印信，共124员，分领于打箭炉厅/巴塘、里塘（理塘）粮务衙门及阜和协,总隶于四川雅州府。

　　清代入藏大道为川藏道，分为两路：南路为成都至康定，经河口(雅江)、里塘、巴塘、江卡(芒康)、乍丫(察雅)至察木多(昌都)，再经恩达、洛隆宗、硕般多、边坝、拉里(嘉黎)、工布江达至拉萨。沿途设有康定、里塘、巴塘、察木多、拉里、拉萨几个粮台(又称军粮府)和若干塘汛、台站，设兵驻守，备有驿马。凡驻藏官吏和驻防军丁均经此道来往，有关粮秣饷械亦由此道运输。故此道又称为“川藏官道”。北路自康定经道孚、炉霍、甘孜、德格、江达至察木多。然后或经类伍齐（类乌齐）、三十九族(丁青、巴青一带)至拉里，经工布江达至拉萨。或由察木多经洛隆宗、拉里等至拉萨。此路无台站，仅于要隘设汛兵驻守，但沿途多草地，宜于驮队行走，故只有茶商驮队走这条路，因而又名为“川藏商道”。由于这两条大道是川藏间的纽带，更是清廷治理西藏的生命线。故处于这两条大道中心的康区便成为清朝治藏之“依托”，控驭藏地之“锁钥”。康区的任何动荡，都危及川藏道的畅通，影响到西藏和其他藏区的安定。当清朝强盛之时，西藏与康区的关系基本相安，但道光以后清朝衰弱时，康藏的政治关系逐渐有了变化，特别是在帝国主义染指西藏，出现“西藏问题”后，康区便成为了西藏地方政府与四川省争夺之地。

　　早在清康熙时，五世达赖就曾藉口请求清廷将尚为和硕特部营官管理的打箭炉等地划归西藏管理，遭到清廷的驳斥。同治四年(1865年)西藏出军，配合清军平息工布郎吉之乱后，藉索军费赖在瞻对(新龙)不走，清廷以“瞻对一地属川属藏俱我国土”，将瞻对赏给西藏管理，令达赖派堪布来此“建庙焚修，化导番众”。[23]但随着清廷管理力量的削弱，西藏地方政府竟以瞻对为“桥头堡”，蚕食康区各土司之地。“川边土司，弱者慑其威而甘于输纳；强者怙其势而恣为奸横，几若只知有藏不知有川。”吴丰培编：《清代藏事奏牍》，下册，北京：中国藏学出版社，1994年，第1023页。这种情况至十三世达赖亲政后更为加剧。光绪三十四年(1908年)西藏地方政府请驻藏大臣联豫代奏，公然称“藏地直抵四川邛州”[24]。正是在这种意识的支配下，驻瞻对的藏官敢于四处侵占土司地方，强派赋税，勒索乌拉。瞻对人民不堪藏官之虐，于光绪十五年(1889年)爆发了撒拉雍珠起义，驱逐藏官。光绪二十年(1894年)川督鹿传霖派兵收回瞻对，拟进行改流，然均未成功。直到清末，康区全部改土归流后，赵尔丰才将驻瞻藏官逐走，改瞻对为县。其间鹿传霖收瞻遭到驻藏大臣文海的弹劾和达赖喇嘛的猛烈攻击，以致罢官；驻藏帮办大臣凤全拟收瞻而导致丧命；赵尔丰收瞻亦受到西藏地方政府的攻讦，几经反复才得成功。围绕瞻对问题可见康藏之政治关系。民国初期，藏军东侵，占据康区的类乌齐、德格等12县。1931年进而将甘孜、瞻对占据。西姆拉会议中提出的“内外藏”区划，竟将外藏之境划至康区中部等，都可见西藏地方政府一直企图将康区纳入其治下。

　　在康区的土司制中，土司是实际统治者。宗教虽然有巨大的影响力，但在政务上都很少有直接管理的权力。土司一般依靠宗教首领的支持而安抚民心，宗教则依靠土司的扶持而发展兴盛，二者以一种政教联盟的形式而达到相辅相成。只有个别的土司是身兼政教二权(如木里土司和德格土司仅一子承袭的时候)，相反倒有众多的寺庙成为附属于土司的“家庙”。土司虽为朝廷命官，要听命于朝廷，为朝廷“守土安民”。还要受地方主管流官的管理约束。但在很大程度上它享有在自己领地内的行政权力，俨然是一个小地方的“国王”。故西藏地方政府想统治康区的企图必然直接损害各个土司的利益，并与康区传统的行政制度相悖，当然要受到康区土司和人民的反对。同时，康区为川藏纽带和川蜀咽喉，且一直为内属之地，四川亦必不愿将其割舍。而中央政权既以康区为治藏之依托，为维护国家的统一和藏区的安定也势必不能允许西藏地方政府对康之企图。因此，近代以来康藏之政治关系，常处于对立之状况中，直到1932年康藏达成“岗托协议”，以金沙江为界，才终止双方军事行动。1939年西康省成立后，进一步缓和了康藏关系，明确了西康与西藏之界线。

　　四、宗教关系

　　众所周知，在佛教传入藏区之前，藏区流行苯教。康区曾是苯教中心。自7世纪佛教分别自印度和汉地传入西藏后，经过300多年的佛苯斗争，佛教在吸收了苯教一些成分后，终于在10世纪后半叶开始形成藏区本地化的佛教——藏传佛教，成为藏族人共同信仰的宗教。11世纪中叶后，藏传佛教开始形成许多教派、宗门。这些教派的创立者，有不少是康区的人，例如帕竹噶举的开山祖师帕木竹巴·多吉杰波(1110—1170年)“出生于多康金沙江流域的美雪吉达俄塞康”[25]，22岁前在康区学法，曾先后从16位康区大德受教。后至西藏从塔布拉杰学法，在藏建帕竹寺开派授徒，从而形成帕竹噶举一派。又如止贡噶举派的开派祖师仁钦贝(1143—1217年)是“生于邓玛，族氏居热”[26]。邓玛即康区的邓柯县(现撤县，以其地分入德格、石渠二县)，为明代赞善王之地，亦为林葱土司故地。居热氏与林葱家有亲缘关系，为该地望族。仁钦贝25岁前一直在康区活动，后去藏从帕木竹巴学法，学成后建止贡寺于西藏墨竹工卡，开派授徒，形成一大派。仁钦贝之大弟子多为康区之人。[27]再如噶玛噶举派的开派人都松钦巴(1110—1193年)亦为“多康者雪”地方之人，“者”即康区之朱倭，“雪”义为下部，故他应是今炉霍、道孚与新龙接境一带的人。他20岁前都在康区活动，之后去藏投入塔布拉吉门下。1147年在康区类乌齐的噶玛地方建噶玛拉顶寺，形成一派。他的再传弟子、创出噶玛巴活佛系统的噶玛拔希(1204—1283年)，也是“多康哲垅荡巴却秋”[28]地方人。“荡巴却秋”亦在邓柯境[29]。此外，像创建宁玛派第一座大寺的高僧伽当巴·德谢嘉巴(1127—?年)也是康区地方的人。

　　在考察藏传佛教这些教派的活动时，可发现两个值得关注的现象：一是，虽然这些教派的首领早期都曾在康区活动，但最终却都是在卫藏地区得以形成该派，得到发展的。二是，在藏传佛教各教派中，只有宁玛派这样密宗色彩特别浓的教派才始终在康区保持兴盛不衰，拥有最多的寺院，最广大的信众。究其因，一则在于康区苯教力量十分强大，信仰的根基十分牢固。由于康区多处于部落分立的社会状况，区内各个地方、各个部落相对封闭，争斗不断，人们的苯教信仰根深蒂固。因此虽经300多年的佛苯斗争，康区的苯教并未受到大的挫折，仍然拥有广大的信众，不易接受藏传佛教。而由于西藏此时苯教已被摧毁殆尽，新兴的藏传佛教在那里不易遭受抵抗。同时，西藏从11世纪起，已开始进入封建社会，新兴的封建领主正急于寻求佛教力量的支持、辅助。故这些教派能较顺利地在西藏迅速发展起来。