第三个发展趋势是恐怖主义化。从地理上看，新疆在与中亚地区东部相连，使得“东突”分裂组织与该地区活跃的民族分裂主义势力、极端宗教主义势力和恐怖主义势力有着密不可分的“地缘联系”。

　　在其恐怖主义影响下，1997年，中亚地区的“东突”分裂组织召开会议，批判了艾沙的“和平斗争”主张。1999年12月，来自18个国家的40多个分裂组织代表在土耳其伊斯坦布尔召开会议，确立了暴力“建国”的方针，并就“武装夺取政权”达成共识。计划在十年内建立一支人数在万人以上的正规军队，在新疆地区实施恐怖战、游击战，甚至正规战。为此“东突”分裂组织派遣大出成员在阿富汗、车臣、克什米尔等地参加实战锻炼，并在中亚、西亚、阿富汗等地建立了20余个训练基地，训练骨干分子。哈萨克境内的“东突厥斯坦委员会”在阿拉木图召集近100名曾在原苏军服役的军官和士兵，策划组建武装部队，并在沙特维吾尔族商人的资助下，购买了700支手枪、200支冲锋枪、10多挺机关枪以及火箭筒等大批武器，企图偷运进新疆，支持“东突”分裂组织。“东突”分裂组织还疯狂叫嚣，“解放东突厥斯坦不能用和平方式，要靠武力解决”。有些分裂组织公然提出要在南疆山区进行“武装割据”，一些“东突”组织就在纲领中明确主张使用暴力。例如，在阿富汗的“东突厥斯坦伊斯兰运动”、土耳其的“东土耳其斯坦青年民主联盟”、哈萨克“东突厥斯坦解放组织”和“中亚维吾尔真主党”等。还有一些组织，虽然没有在纲领中明确提出要使用暴力，但是在行动中已实际开展了恐怖活动，如“东突信息中心”等。

　　事实上“东突”分裂组织已经逐步成为“东突”恐怖组织，不但得到了臭名昭著的拉登领导的“基地组织”的大力支持，同时也是拉登恐怖势力的重要组成部分。早在数年前，“东突”恐怖组织就得到了拉登在经费、物资上的大力支持。1999年初，拉登会见了“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山·买合苏木，在许诺提供资金援助的同时，要求其“一切行动与塔利班协调”。2001年2月，拉登及塔利班高层人士在坎大哈与“东突”分裂组织达成协议，帮助其训练骨干成员，并承诺负担2001年的活动经费。此外塔利班、“基地组织”和“乌兹别克斯坦伊斯兰解放运动”还向“东突”分裂组织提供了大量的武器弹药、交通工具、通讯设备等。

　　据报道，曾先后有来自10个“东突”分裂组织的1000多名骨干分子在“基地”组织设在阿富汗坎大哈、马扎里沙里夫、霍斯特、呼苏提等地的恐怖主义训练营中接受过诸如爆炸、暗杀、投毒等恐怖活动训练。这些人受训后有的被秘密派遣回中国境内发展恐怖组织，策划从事恐怖活动，有的加入阿富汗塔利班和“基地”组织，有的则参与了俄罗斯车臣恐怖势力的活动，还有的参加在中亚地区的恐怖活动。如1999年8月“东突”恐怖分子参与了在吉尔吉斯斯坦南部，劫持4名日本科学家和吉内务部队高级军官的恐怖事件；2000年两名“东突”分裂组织成员在车臣战争中被俄罗斯军队俘虏，遣返中国；2000年8月又参与在乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦南部山区，袭击当地政府军的恐怖活动。

    　近年来在新疆发生的一系列爆炸暗杀恐怖事件，大多与这些组织有关。目前，中国警方已抓获100多名曾在阿富汗及其它国家接受过恐怖活动训练秘密潜入新疆的恐怖分子。有关国家也向中方引渡、移交了10多名在恐怖活动中被抓获的“东突”恐怖分子。

　　2001年“9·11”恐怖事件后，恐怖组织成为过街老鼠人人喊打，“东突”恐怖组织不得不表示对美国军事打击的支持，并努力拉大与拉登恐怖组织的距离，千方百计抹掉自己的恐怖主义色彩，要求其成员暂时不要发表过激言论，避免所在国将其与恐怖组织联系在一起。在南亚的恐怖组织则抓紧进行战略转移，组织其在阿富汗的成员向周边的南亚、中亚或中东地区转移，以保存实力。同时“东突”恐怖组织再一次扯起所谓维护“人权”、“宗教自由”和“少数民族利益”的大旗，编造所谓“中国政府借机打击少数民族”的谎言，混淆视听，以逃脱国际反恐怖主义的打击。